เว็บไซต์ The Japan Times รายงานว่า แม้รถไฟญี่ปุ่นจะมีชื่อเสียงโด่งดังทั่วโลกว่าตรงเวลามาก แต่กระทรวงคมนาคมของญี่ปุ่นเปิดเผยรายงานฉบับที่เคยมีการสำรวจประสิทธิภาพของระบบรถไฟในด้านการตรงเวลา ซึ่งระบุว่า รถไฟในกรุงโตเกียวดีเลย์บ่อยในช่วงเวลาเร่งด่วน รถไฟเสียบ่อยและมีระบบจัดการที่ไม่ค่อยดีนัก

รายงานนี้เป็นครั้งแรกที่ทางการญี่ปุ่นวิเคราะห์ข้อมูลเพื่อการปรับปรุงด้านความตรงเวลาของรถไฟ โดยมีการเก็บสถิติเฉพาะรถไฟที่ให้บริการภายในรัศมี 50 กิโลเมตรรอบเขตใจกลางกรุงโตเกียวเท่านั้น เนื่องจากเป็นเขตที่มีการออกใบรับรองรถไฟดีเลย์ให้กับผู้โดยสาร

แม้เงื่อนไขในการออกใบรับรองของแต่ละบริษัทจะต่างกันเล็กน้อย แต่ทุกบริษัทมักได้รับคำร้องให้ออกใบรับรองรถไฟดีเลย์ในชั่วโมงเร่งด่วน เหมือนกัน โดยสถิติระบุว่า บริษัท อีสต์ เจแปน เรลเวย์ มีประสิทธิภาพต่ำสุดในบรรดาผู้ให้บริการรถไฟ โดยช่วงปี 2017 ที่ผ่านมา เส้นทางโชว-โซบุ มีการดีเลย์เฉลี่ย 19.1 วันทำงานต่อเดือน

อย่างไรก็ตาม สาเหตุที่รถไฟดีเลย์ส่วนใหญ่เกิดจากผู้โดยสารเอง โดยสาเหตุที่รถไฟดีเลย์น้อยกว่า 10 นาทีร้อยละ 47.2 เกิดจากผู้โดยสารที่พยายามจะเบียดเข้าไปในรถไฟ แม้จะเลยเวลาที่รถไฟต้องออกจากชานชาลาแล้ว อีกร้อยละ 16 เกิดจากการต้องเปิดประตูรถไฟอีกครั้งเพื่อให้คนขึ้นหรือลง และอีกร้อยละ 12.6 เกิดจากผู้โดยสารต้องการความช่วยเหลือทางการแพทย์เร่งด่วน

ส่วนสาเหตุของรถไฟที่ดีเลย์เกิน 30 นาทีร้อยละ 43.6 มาจากการที่คนกระโดดลงไปฆ่าตัวตาย อีกร้อยละ 21.8 เกิดจากการที่คนลงไปกีดขวางทางรถไฟหรือพฤติกรรมอื่นๆที่ขัดขวางการเดินรถไฟ จุน อุเมฮะระ ผู้สื่อข่าวที่เชี่ยวชาญเรื่องรถไฟแสดงความเห็นว่า แม้รถไฟญี่ปุ่นจะค่อนข้างตรงเวลา แต่เนื่องจากการจราจรหนาแน่นบริเวณใจกลางกรุงโตเกียว ทำให้รถไฟดีเลย์บ่อยในช่วงเวลาเร่งด่วน และก่อนหน้านี้ กระทรวงคมนาคมก็ไม่มีความพยายามมากพอในการแก้ไขปัญหารถไฟดีเลย์ จึงไม่มีการตรวจสอบเหตุการณ์ที่มีคนฆ่าตัวตายและทำให้รถไฟดีเลย์ เพราะมองว่าเป็นปัจจัยภายนอกที่ไม่ได้เกิดจากบริษัทผู้ให้บริการรถไฟ