ฮิวแมนไรท์วอทช์ องค์กรสิทธิมนุษยชนสากลออกแถลงการณ์เรียกร้องให้กองทัพไทยถอนฟ้องคดีหมิ่นประมาททางแพ่งและอาญาต่อนายอิสมาแอ เต๊ะ ผู้ก่อตั้งเครือข่ายสิทธิมนุษยชนปาตานี (HAP) ซึ่งเปิดเผยในรายการ “นโยบาย by ประชาชน” ช่อง Thai PBS เมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ว่า ตนได้ถูกทหารในจังหวัดชายแดนใต้ซ้อมทรมานระหว่างการควบคุมตัวของทหารเมื่อปี 2551 นอกจากนี้ กองทัพยังฟ้องร้องเรียกค่าเสียหาย 10 ล้านบาทในคดีหมิ่นประมาทต่อสำนักข่าวผู้จัดการออนไลน์ที่รายงานข่าวของนายอิสมาแอด้วย
นายแบรด อดัมส์ ผู้อำนวยการภูมิภาคเอเชีย ฮิวแมนไรท์วอทช์ กล่าวว่า กองทัพไทยกำลังตอบโต้เหยื่อการซ้อมทรมานและสื่อมวลชน ซึ่งรายงานข่าวการละเมิดสิทธิมนุษยชนร้ายแรง แทนที่จะลงโทษเจ้าหน้าที่ของตนเอง รัฐบาลทหารไทยซึ่งมีอำนาจควบคุมกองทัพควรสั่งการให้ถอนฟ้องคดีหมิ่นประมาทนี้ และให้ดำเนินการสอบสวนอย่างไม่ลำเอียงและจริงจังต่อการตอบโต้ที่ไร้เหตุผลเช่นนี้
เมื่อวันที่ 14 กุมภาพันธ์ 2561 กองอำนวยการรักษาความสงบเรียบร้อย ภาค 4 ส่วนหน้า (กอ.รมน. ภาค 4 ส่วนหน้า) ซึ่งดูแลงานด้านความมั่นคงในจังหวัดชายแดนใต้ ได้แจ้งความดำเนินคดีหมิ่นประมาททางแพ่งและอาญาที่ สภ.เมืองปัตตานี เพื่อเอาผิดกับนายอิสมาแอ หลังนายอิสมาแอกล่าวหาว่า เขาได้ถูกซ้อมทรมานระหว่างการควบคุมตัวของทหารเมื่อปี 2551
นายอิสมาแอเปิดเผยว่า กอ.รมน. ภาค 4 ส่วนหน้าควบคุมตัวเขาที่ค่ายอิงคยุทธบริหาร จังหวัดปัตตานีในปี 2551 โดยไม่ให้ติดต่อกับโลกภายนอก และทหารที่สอบสวนเขาได้ใช้ไฟฟ้าช็อต ชกเขา เตะเขา และใช้ไม้กระบองตีเขาจนเขาสลบไป ทั้งเจ้าหน้าที่ยังราดน้ำใส่เขาเพื่อบังคับให้รับสารภาพว่าเกี่ยวข้องกับกลุ่มแบ่งแยกดินแดน ในเดือนตุลาคม 2559 โดยศาลปกครองสั่งให้กองทัพชดใช้ค่าสินไหมชดเชยความเสียหายให้แก่อิสมาแอเป็นจำนวนเงิน 305,000 บาท สำหรับความเสียหายด้านอารมณ์และร่างกายที่เกิดขึ้น แต่ไม่มีเจ้าหน้าที่ความมั่นคงรายใดถูกฟ้องร้องดำเนินคดีเนื่องจากการทรมานและการปฏิบัติมิชอบต่ออิสมาแอ
ฮิวแมนไรท์วอชท์ระบุว่า ไทยเป็นรัฐภาคีในสนธิสัญญาระหว่างประเทศ อนุสัญญาต่อต้านการทรมานและการปฏิบัติหรือการลงโทษอื่นๆ ที่โหดร้าย ไร้มนุษยธรรม หรือที่ย่ำยีศักดิ์ศรี และกติการะหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง ซึ่งมีการคุ้มครองสิทธิเหยื่อการซ้อมทรมานและการปฏิบัติมิชอบ ให้สามารถร้องเรียนให้มีการสอบสวนอย่างรวดเร็วและยุติธรรม นอกจากนั้น อนุสัญญาสหประชาชาติว่าด้วยนักปกป้องสิทธิมนุษยชนยืนยันข้อห้ามที่จะไม่ตอบโต้เอาคืน ไม่ข่มขู่และไม่คุกคามบุคคลซึ่งดำเนินการอย่างสงบต่อการละเมิดสิทธิมนุษยชน ทั้งที่เป็นการปฏิบัติหน้าที่ตามวิชาชีพและนอกเหนือจากนั้น
ในเดือนมิถุนายน 2557 คณะกรรมการต่อต้านการทรมาน (CAT) เสนอแนะ ให้ประเทศไทย ยุติการคุกคามและการโจมตีนักปกป้องสิทธิมนุษยชน ผู้สื่อข่าว และผู้นำชุมชนโดยทันที และสอบสวนอย่างเป็นระบบต่อรายงานว่ามีการข่มขู่ การคุกคามและการทำร้าย ทั้งนี้โดยุม่งให้มีการฟ้องร้องดำเนินคดีและการลงโทษผู้กระทำความผิด และประกันให้ผู้เสียหายและครอบครัวได้รับการเยียวยาอย่างเป็นผล"
จนถึงปัจจุบัน รัฐบาลไทยยังไม่สามารถฟ้องร้องดำเนินคดีจนสำเร็จกับเจ้าหน้าที่ความมั่นคงที่ถูกกล่าวหาว่าปฏิบัติมิชอบต่อชาวมุสลิมเชื้อสายมาลายู และถูกกล่าวหาว่าเกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบในภาคใต้ ซึ่งเป็นเหตุให้มีผู้เสียชีวิตกว่า 6,000 คนนับแต่ปี 2547 นอกจากนั้น ประมวลกฎหมายอาญาของไทยยังไม่มีฐานความผิดทางอาญาต่อการทรมาน
นอกจากปฏิเสธข้อกล่าวหาว่าเจ้าหน้าที่ความมั่นคงมีส่วนเกี่ยวข้องกับการทรมานและการปฏิบัติมิชอบที่ร้ายแรงอย่างอื่นแล้ว กองทัพไทยยังร้องทุกข์กล่าวโทษต่อผู้ร้องเรียน โดยกล่าวหาว่าพวกเขาให้ข้อมูลเท็จ และมีเจตนาทำชื่อเสียงของตน
"ความพยายามของกองทัพในการใช้คดีหมิ่นประมาท เพื่อตอบโต้เหยื่อการซ้อมทรมาน ตรงข้ามกับสิ่งที่เรียกว่า วาระสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ของนายกรัฐมนตรีพลเอก ประยุทธ์ จันทร์โอชา และ คำสัญญา อีกมากมายของเขาที่จะเอาผิดกับการทรมาน" ฮิวแมนไรท์วอทช์กล่าว
นายอดัมส์ ยังกล่าวว่า การแจ้งความดำเนินคดีของกองทัพไทยต่อนักสิทธิมนุษยชนและสื่อมวลชน ซึ่งเปิดโปงปัญหาการซ้อมทรมานที่เกิดขึ้นอย่างกว้างขวาง เท่ากับเป็นการลดทอนความน่าเชื่อถือของข้ออ้างของรัฐบาลที่ว่า การปฏิบัติหน้าที่ในจังหวัดชายแดนใต้ของตนเป็นไปอย่างสอดคล้องกับกฎหมาย ความพยายามต่อต้านปฏิบัติการที่โหดร้ายของกลุ่มแบ่งแยกดินแดน ไม่ได้รับประโยชน์ใด ๆ จากการปกปิดข้อมูลเกี่ยวกับการซ้อมทรมานและอาชญากรรมที่ร้ายแรงอย่างอื่น