พล.อ. ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้า คสช.กล่าวถึง ข้อห่วงใยของสำนักจุฬาราชมนตรีและนักวิชาการรวมถึงประชาชนชาวมุสลิมที่ห่วงว่าสถานการณ์ความรุนแรงในจังหวัดชายแดนภาคใต้จะถูกเข้าใจผิดว่าเป็นเรื่องความขัดแย้งทางศาสนาและบานปลายแบบรัฐยะไข่ ประเทศเมียนมา โดยยืนยันว่าปัญหาที่เกิดขึ้นทั้งหมด ไม่ใช่ความขัดแย้งทางศาสนา เพราะองค์การความร่วมมืออิสลามหรือ OIC และผู้แทนประเทศมุสลิมก็มาเยี่ยมและสอบถามเจ้าหน้าที่ที่ปฏิบัติงานในพื้นที่ภาคใต้ เจ้าหน้าที่ก็ยืนยันว่าไม่ใช่ความขัดแย้งทางศาสนา แต่เป็นความขัดแย้งที่ไม่ใช่รูปแบบเดิม ที่เกิดขึ้นกับหลายประเทศ ดังนั้น จึงอยากขอนำเอาหลายอย่างมาเกี่ยวพันกัน 

พร้อมขอคนไทยอย่าเอาความคิดไปตกหลุมความแตกแยกของคนกลุ่มเดียว ขณะเดียวกันได้กำชับให้เจ้าหน้าที่เข้มงวดในหลายเรื่อง โดยเฉพาะจุดที่อ่อนไหวซึ่งมีอยู่ในหลายพื้นที่ ทั้งวัด โรงเรียน เด็ก และสถานประกอบการธุรกิจ แม้แต่ฐานปฏิบัติการทหารก็ยังมีความเสี่ยง เพราะถูกแวดล้อมไปด้วยประชาชน

ทั้งนี้ จะต้องหามาตรการทางการข่าวที่เหมาะสม ระมัดระวังฐานปฏิบัติการของตนเอง และระมัดระวังผู้ที่มาติดต่อราชการทุกอย่างจะต้องมีความเข้มงวดทั้งหมด ทั้งนี้ประชาชนในพื้นที่จะต้องให้ความร่วมมือถึงจะสามารถแก้ไขปัญหาไปพร้อมกันได้

โดยนายกรัฐมนตรี ยืนยัน ที่ผ่านมารัฐบาลให้ความสำคัญกับสถานการณ์ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ยืนยันรัฐบาลนี้ไม่เคยนิ่งนอนใจ และจะเห็นได้ว่าสถานการณ์ในช่วงนี้มีความรุนแรงมากขึ้นเนื่องจากอะไรหรือเป็นเพราะเสถียรภาพทางการเมืองหรือไม่ การเลือกตั้งเกี่ยวข้องหรือไม่ต้องไปดูให้ชัดเจน ซึ่งวันนี้มีหลายกลุ่มหลายฝ่ายที่ออกมาสร้างเหตุรุนแรงเพื่อจะยกระดับเองตัวเอง จึงอยากขอความร่วมมืออย่าไปขยายความให้พื้นที่คนเหล่านี้ ซึ่งรัฐบาลจะหามาตรการทางกฎหมายทั้งทางกฎหมายและการพูดคุยสันติสุขที่ต้องทำควบคู่กันทั้งหมด ให้ต่างประเทศเห็นประเทศไทยไม่ได้ใช้กำลังอย่างเดียว

ต่อมา พล.อ.ประยุทธ์ โพสต์เฟซบุ๊กระบุว่า ความรุนแรงที่ จ.นราธิวาสเมื่อ 18 ม.ค. 2562 ผู้ก่อเหตุพยายามดึงเข้าสู่เงื่อนไขความขัดแย้งเพื่อให้เกิดการแทรกแซงจากต่างประเทศ โดยใช้สื่อเป็นเครื่องมือ รัฐบาลและคสช.ยืนยันจะดูแลความปลอดภัยประชาชนเต็มความสามารถ พื้นที่ใดต้องการการดูแลเป็นพิเศษ แจ้งเจ้าหน้าที่ พลเรือน ตำรวจ ทหาร กอ.รมน.ภาค 4 ได้โดยตรง

ที่ผ่านมาองค์การความร่วมมืออิสลามสนับสนุนแนวทางของไทย นักสิทธิมนุษยชนและ NGO ต่างๆขอให้เข้าใจด้วย สื่อมวลชน สื่อโซเชียล ต้องเสนอข่าวด้วยความระมัดระวัง นักการเมืองควรหาเสียงด้วยความระมัดระวังเช่นกัน รัฐบาลและคสช.ยังบังคับใช้กฎหมายเช่นเดียวกับพื้นที่อื่นทั่วประเทศครับ