การลักลอบตัดไม้ในเขตป่าสงวนของเม็กซิโก เป็นอีกสาเหตุหนึ่ง ที่ทำให้จำนวนผีเสื้อจักรพรรดิ ซึ่งเป็นผีเสื้อสายพันธุ์ท้องถิ่น มีจำนวนลดลงอย่างรวดเร็ว
ในช่วงปลายเดือนมีนาคมของทุกปี จะเป็นช่วงที่ผีเสื้อจักรพรรดิ ซึ่งเป็นผีเสื้อสายพันธุ์ท้องถิ่นของเม็กซิโก จะอพยพย้านถิ่นไปยังสหรัฐฯ และแคนาดา ด้วยการบินเกาะกันเป็นกลุ่มใหญ่อย่างสวยงาม แต่ในปีนี้ นักวิทยาศาสตร์ในเม็กซิโกพบว่า ผีเสื้อจักรพรรดิที่พบในเม็กซิโก มีจำนวนน้อยที่สุดในรอบ 20 ปี
ผีเสื้อจักรพรรดิ เป็นผีเสื้อที่อพยพย้ายถิ่นตามสภาพอากาศ โดยในช่วงฤดูหนาว พวกมันจะอพยพจากทวีปอเมริกาเหนือ ไปยังเม็กซิโก เพื่อหลบภัยหนาว ก่อนบินกลับไปยังทวีปอเมริกาเหนืออีกครั้ง ในช่วงฤดูใบไม้ผลิ
แต่ในช่วงฤดูหนาวที่ผ่านมา จำนวนผีเสื้อจักรพรรดิตามธรรมชาติ ที่อพยพไปยังเม็กซิโก มีจำนวนน้อยลงจากปีที่ผ่านมาถึงร้อยละ 59 เนื่องจากพื้นที่ป่าต้นมิลค์วีด (Milkweed) ซึ่งเป็นแหล่งอาหาร และผสมพันธุ์ของพวกมัน มีจำนวนลดลงอย่างรวดเร็ว อันเนื่องมาจากการลักลอบตัดไม้ในเขตป่าสงวน
อย่างไรก็ตาม จากข้อมูลล่าสุดของรัฐบาลเม็กซิโก พบว่า จำนวนผู้ลักลอบตัดไม้ในเขตป่าสงวน เพื่อนำไม้มาจำหน่าย หรือการถางป่าเพื่อทำการเกษตรลดลงอย่างต่อเนื่อง ตั้งแต่ปี 2543 เป็นต้นมา นับตั้งแต่มีการบังคับใช้กฎหมายของเจ้าหน้าที่ตำรวจอย่างจริงจัง แต่นั่นก็ไม่ทำให้การลักลอบตัดไม้ในเขตป่าสงวนของเม็กซิโกหมดไปแต่อย่างใด
นักวิทยาศาสตร์ประจำองค์การกองทุนสัตว์ป่าโลก หรือ WWF ของเม็กซิโกบอกว่า ผีเสื้อจักรพรรดิ มีความสำคัญต่อห่วงโซ่อาหาร และยังเป็นตัวบ่งบอกความอุดมสมบูรณ์ของป่าในเม็กซิโก ดังนั้น ทุกภาคส่วนจะต้องร่วมมือกันปลูกต้นมิลค์วีด ซึ่งเป็นแหล่งอาหารสำคัญของพวกมัน นอกจากนี้ พวกเขายังเรียกร้องให้เกษตรกรสหรัฐฯ และแคนาดา ลดการใช้สารเคมีกำจัดวัชพืช ซึ่งเป็นตัวการสำคัญที่ทำให้พวกมันไม่สามารถกลับขยายพันธุ์ในเม็กซิโกได้
