​แม้ว่าตอนนี้ทั้งเกาหลีใต้และทั่วโลกจะคิดตรงกันว่าผู้ที่อยู่เบื้องหลังการลอบสังหารนายคิมจองนัม จะเป็นรัฐบาลเกาหลีเหนืออย่างไม่ต้องสงสัย แต่แรงจูงใจเบื้องหลังคำสั่งฆ่าครั้งนี้ยังไม่ชัดเจนนัก โดยนักวิเคราะห์มองว่าสาเหตุที่เกาหลีเหนือต้องการสังหารนายคิม อาจเพราะต้องการป้องกันการแทรกแซงจากจีน


แหล่งข่าวจากเกาหลีเหนือยืนยันว่า นายคิมจองอึนสั่งให้สายลับตามสังหารพี่ชายต่างมารดามานานแล้ว โดยสายลับเกาหลีเหนือที่ถูกจับได้ในเกาหลีใต้เมื่อปี 2012 สารภาพวาได้รับภารกิจล่าสังหารนายคิมจองนัม แต่นายคิมรอดพ้นมาได้ทุกครั้งเพราะเขามีสายสัมพันธ์แน่นแฟ้นกับจีนผ่านนายจางซองแท็ก อาเขยผู้ได้ชื่อว่ามีอำนาจที่สุดในประเทศรองจากนายคิมจองอิล อดีตผู้นำเกาหลีเหนือ บิดาของนายคิมจองอึนและคิมจองนัม ทำให้แม้เขาจะไม่เป็นที่โปรดปรานของพ่อ แต่ก็สามารถใช้ชีวิตอย่างสุขสบายได้ภายใต้การดูแลของจีน โดยอาศัยอยู่ในมาเก๊า

หลังจากนายคิมจองอึนสั่งสังหารอาเขยของตนเองอย่างเหี้ยมโหดเมื่อปี 2013 ไม่นานหลังขึ้นสู่อำนาจ สายสัมพันธ์ระหว่างเกาหลีเหนือกับจีนก็เริ่มห่างเหินกันมากขึ้น แต่จีนยังให้ความคุ้มครองนายคิมจองนัมอยู่ แม้จะไม่ใกล้ชิดเหมือนสมัยที่นายจางยังมีชีวิตอยู่ก็ตาม

แม้ว่านายคิมจองนัมจะไม่เคยแสดงท่าทีว่าต้องการสืบทอดอำนาจต่อจากพ่อหรือแม้แต่น้องชาย แต่นายคิมน่าจะต้องการสังหารนายคิมจองนัมเพื่อป้องกันไม่ให้จีนมีโอกาสแทรกแซงการเมืองเกาหลีเหนือ โดยการสนับสนุนนายคิมจองนัมขึ้นมาเป็นตัวเลือกผู้นำเกาหลีเหนือแข่งกับนายคิมจองอึน แม้ว่าโอกาสที่จีนจะเข้าแทรกแซงการเมืองเกาหลีเหนือจะเป็นไปได้น้อยมากในสายตาของนักวิชาการจีนก็ตาม

นักวิเคราะห์คาดการณ์ว่าการคว่ำบาตรไม่ซื้อถ่านหินจากเกาหลีเหนือของจีนล่าสุด ซึ่งมีผลเมื่อวันอาทิตย์ที่ผ่านมา เป็นการแสดงออกว่าจีนไม่พอใจการลอบสังหารนายคิมจองนัม แม้จะอ้างว่าทำไปเพื่อตอบโต้การทดสอบขีปนาวุธของเกาหลีเหนือตามมติของสหประชาชาติก็ตาม

อีกปัจจัยหนึ่งซึ่งน่าจะทำให้นายคิมจองนัมเป็นเป้าหมายสำคัญของรัฐบาลเกาหลีเหนือ ก็คือการที่เขาวิพากษ์วิจารณ์น้องชายของตนเองอย่างเปิดเผยกับสื่อต่างชาติ โดยเคยกล่าวว่านายคิมจองอึนอ่อนแอเกินกว่าจะปกครองประเทศ และทำได้เพียงเป็นหุ่นเชิดของผู้หลักผู้ใหญ่ในพรรคแรงงานเกาหลีเหนือเท่านั้น นอกจากนี้ เขายังเป็นที่รู้จักในเกาหลีเหนือในฐานะฝ่ายสนับสนุนการปฏิรูปประเทศ โดยยึดจีนเป็นต้นแบบ ซึ่งผู้ที่สนับสนุนแนวคิดนี้ในเกาหลีเหนือมีไม่น้อย ทั้งหมดนี้ทำให้นายคิมจองอึนรู้สึกว่าพี่ชายเป็นภัยคุกคาม และตัดสินใจว่าควรสังหารเขาเพื่อตัดไฟแต่ต้นลม

อย่างไรก็ตาม การที่สายลับเกาหลีเหนือสังหารนายคิมในช่วงเวลานี้ อาจเป็นเรื่องบังเอิญ เนื่องจากเหตุการณ์นี้ทำให้เกาหลีเหนือตกที่นั่งลำบาก และได้รับแรงกดดันจากต่างประเทศซ้อนกันจากถึง 2 ประเด็น ทั้งการลอบสังหารนายคิม และการทดสอบขีปนาวุธ เป็นไปได้ว่าคำสั่งตามล่านายคิมจองนัมมีมานานแล้ว แต่สายลับเพิ่งสบโอกาสที่จะสังหารเขาในช่วงเวลานี้พอดี